1993年，复旦大学设立电子学与信息系统本科专业；成立波散射与遥感信息中心

1995年，现代通信教学实验室开始筹建

1998年，设立通信工程本科学位点

1998年6月，二级学科硕士点通信与信息系统成立，电磁场与微波技术硕士点成立

2000年10月，通信科学与工程系建立，其骨干教师来源于计算机科学系网络教研室和电子工程系通信教研室、电磁场与微波教研室以及高性能计算中心等单位

2005年7月，电磁场与微波技术博士点成立

2011年，获批电子与信息工程博士学位点

2011年3月，信息与通信工程升为一级学科硕士授权点

2011年12月，金亚秋教授当选中国科学院院士

2018年9月，于全院士担任我系顾问教授

2021年，新增信息与通信工程博士学位授权一级学科

2022年度通信工程专业入选国家一流本科专业建设点(入选教育部“双万计划”)

2022年度获批电子信息通信工程专业学位领域

自2000年以来，通信系历任系主任是钱松荣（2000-2004）、陈雁秋（2004-2007）、石艺尉（2007-2009）、迟楠（2009-2018）、王昕（2018-至今）。